Pokud bude podnikatel potřebovat stornovat tržbu, o níž byly údaje již zaslány na server Finanční správy, postupuje podnikatel obdobně jako při evidenci tržby s tím rozdílem, že je tato tržba evidována jako záporná. Postup se vztahuje na případy vrácení zboží bez uvedení důvodu, při vyřízení reklamace, u omylem zaevidované tržby nebo na případy, kdy byly údaje o evidované tržbě zaslány správci daně před přijetím tržby a zákazník nakonec zboží nezaplatil (nejčastěji půjde o zasílání zboží internetovými obchody na dobírku a následné nepřevzetí zboží). Provedené storno není z technického hlediska vázáno na původně zaslanou datovou zprávu (resp. vydanou účtenku).